本会は日本臨床内分泌病理学会（Japan Endocrine Pathology Society : JEPS）と称する。
本会の事務局は理事会の指定する場所におく。
本会は内分泌病理学の進歩・向上並びに会員相互の交流と意見交換をはかることを目的とする。
本会は次の事業を行う。
１．学術集会の開催
２．内外の関連学術学会（Endocrine Pathology Societyを含む）との交流
３．研究業績の顕彰
４．その他、本会の目的達成に必要な事項
本会の会員は次のようにわける。
１．正会員
（１）一般会員
（２）評議員
（３）学生会員
２．功労評議員
３．名誉会員
４．賛助会員
正会員は本会の目的に賛同し、所定の会費を納入した個人で、その年度の学術集会での講演発表の権利並びに評議員会または総会での議決権を有する。また、３年連続して会費を納入しなかった者は正会員の資格を失う。
学生会員は、学部学生および学部卒業後5年間の者とし、会費は別途定める内規により減額される。
名誉会員は本会の目的に関して特に功績のあった者で、別途定める内規に基づき、理事会で推薦し、評議員会、総会の承認を得て決定する。
２．名誉会員は年会費及び学術総会参加費は免除され、他の権利は別途内規に定める。
賛助会員は本会の目的に賛同し、本会の事業を支援する賛助会費を納入した個人または団体とする。
会費は理事会で立案し、評議員会と総会の承認を得る。
本会に次の役員をおく。
１．理事 10名以上、13名以内（うち、理事長１名）
２．監事 ２名
３．幹事 若干名
理事は、評議員の投票または理事長の推薦により評議員会及び総会の承認を得て選任する。
２．理事長は必要に応じて、原則として評議員から若干名の理事を推薦することができるが、理事長推薦による理事は３名を越えないものとする。
３．理事は互選で理事長を定める。
４．監事は理事長が推薦し、評議員会および総会の承認を得るものとする。
５．選挙による理事が任期途中で辞任した時は、被選挙人のうちから次点のものを繰り上げて、評議員会および総会の承認を得るものとする。
理事長は本会を代表し、会務を統括する。
２．理事長に事故があるとき、または理事長が欠けたときは、あらかじめ理事長が指名した順序により、理事がその職務を代理し、またその職務を行う。
３．理事は理事長の業務を補佐し、庶務（庶務担当理事）、財務（財務担当理事）、広報（広報担当理事）、企画学術（企画学術担当理事）など担当理事をおく。
４．前項の各業務の責任者として、それぞれ筆頭理事を置く。
５．理事長は必要に応じ、本会の運営に必要な研究賞選考委員会などの諸種委員会の設置および委員の委託を行うことができる。
６．理事長は必要に応じ、本会の運営に助言する顧問を置くことができる。
７．理事長は必要に応じ、補佐役として副理事長を置くことができる。
８．各会務を担当する理事はその会務遂行のため、評議員の中から幹事を任命することができるが、理事会に報告の上、承認を得る。幹事の役割については別途内規で規程する。
監事は、本会の業務および財産を監査する。
２．監事は理事会に出席する。
理事長の任期は２年とする。連続する場合は１期に限り再任できる。
２．選挙による理事の任期は２年とし、理事会推薦並びに評議員会及び総会の承認により、もう１期再任される。任期満了後に被選挙権を有し、評議員の投票により再選された場合には、再任を妨げない。ただし、理事長推薦理事は１期２年の任期とする。
３．監事の任期は４年とし再任を妨げない。
４．補欠により選出された役員の任期は、前任者の残任期間とする。
５．役員の任期は学術集会時の総会の日から始まり、それぞれ定められた任期を経た後の学術集会時の総会の日をもって終了する。
６．役員は満65歳の誕生日を迎えた後は、現在の任期を終了した後、更に再任されることはない。
理事会は理事長が招集する。
２．理事会の議長は理事長とする。
理事会は理事の現在数の３分の２以上の者が出席しなければ、議事を開き議決することはできない。ただし、当該議事につき他の理事を代理人として表決を委任した者は出席者とみなす。
２．理事会の決定は出席理事の過半数による。可否同数の時は、理事長が決する。
評議員は、評議員、功労評議員または名誉会員２名以上の推薦に基づき、理事長が理事会に諮り、評議員会の議を経て、学術集会時の総会の承認を得るものとする。
２．評議員の任期は４年とし、再任を妨げない。ただし、特別な理由のない限り自動的に更新されるものとする。
３．評議員は満65歳の誕生日を迎えた後の学術集会時の総会の日をもって任期を終了する。
４．功労評議員は前項により任期を終了した評議員で、本学会活動への貢献の著しい者の中から、別途定める内規に基づき、理事長が理事会に諮り、評議員会、総会の承認を得るものとする。任期は定めず、年会費は免除され、他の権利は別途内規に定める。
評議員は評議員会を組織し、理事長及び理事会の諮問事項、その他本会の運営に関する事項を審議する。
評議員会は年１回、学術集会の総会に先立って、理事長が召集する。但し、正当な理由がある場合は、総会と合同で開催できるものとする。
２．評議員会の議長は、出席議員の互選により定める。
評議員会は評議員現在数の３分の２以上の者が出席しなければ、議事を開き議決することは出来ない。ただし、当該議事につき他の評議員を代理人として表決を委任した者は出席者とみなす。
２．評議員会の決定は出席評議員の過半数による。可否同数の時は、議長が決定する。
総会は会員をもって組織する。
総会は学術集会時を含めて少なくとも年１回、理事長が召集し開催する。
２．臨時総会は理事会が必要と認めた時、理事長が召集する。
総会の議長は出席会員の互選により定める。
総会は理事会と評議員会における審議事項を議決する。
総会は正会員現在数の３分の１以上の者が出席しなければ、議事を開き議決することは出来ない。ただし、当該議事につき他の正会員を代理人として表決を委任した者は出席者とみなす。
２．総会の決定は出席正会員の過半数による。可否同数の時は、議長が決定する。
会長はその年度の学術集会に関わる任務を遂行する。
２．会長は本会の運営に必要なプログラム委員会または委員を設置委託することができる。
３．会長は必要に応じて副会長を選任することができるが、就任にあたっては会員であることを要する。
会長は、理事会において推薦し、評議員会および総会の承認を経て決定する。
会長の任期は１年とし、前回学術集会の終了翌日から学術集会終了の日までとする。
学術集会は毎年１回、秋に開催する。会期を２日とする。またその内容は本会として特色あるものとする。
学術集会に発表する者は、会員であることを必要とする。ただし、本会の趣旨に賛同する非会員で会長が承認した場合には発表を行うことができる。
関連分野における優れた研究者に対して別に定める細則に基づき、特別功労賞、佐野賞、亀谷賞及び研究賞を授与する。
本会の運営には次の資金をあてる。
１．会費
２．寄付金
３．資産から生ずる収入
４．その他の収入
２．年度会計の報告は監事の監査を経た後、理事会、評議員会並びに総会に諮り、承認を得る。
３．事業年度は毎年4月１日に始まり、翌年3月31日に終わる。
本会則の改訂は理事会及び評議員会の議を経て、総会の承認を得る。なお、細則・内規等は理事会承認をもって発効する。
本会則は平成13年９月16日から施行する。
学会名称変更は平成28年2月15日に承認されたが、平成29年4月1日日より適用する。